最高人民法院经审查认为

行政机关提供作出行政行为的证据和依据的意义，在于证明其行政行为的合法性。但同时需要指出，行政诉讼中的证明对象具有多样性，行政诉讼证据也并不仅仅限于证明行政行为合法性的证据。在行政行为涉及第三人合法权益的情况下，简单地适用被告单方举证规则，则有可能将不利后果转嫁于第三人，而第三人的合法权益则可能因行政机关怠于举证遭致不利影响。人民法院对于涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的事实，有权责令当事人提供或补充有关证据；而对于当事人主动提供或补充的涉及国家利益、公共利益或他人合法权益的事实的证据，人民法院根据证据“三性”原则予以审查认定，应在上述职权的合理范围之内。

本案中，再审申请人质疑的某公司是否依法提出过行政复议申请这一事实具有两重法律意义，既涉及对被诉行政行为的合法性评判，又涉及对某公司行政复议申请权行使的认定。申言之，一方面，某公司依法提出行政复议申请是某市人民政府作出行政复议决定应当掌握的基础事实之一，也是人民法院评价被诉行政复议决定是否合法的重要方面，如果被申请人不依法提供相关证据，则无法证明其复议行为的合法性，应承担不利的法律后果；另一方面，在被诉行政复议行为的合法性评价之外，某公司是否提出过行政复议申请又是一个客观事实，涉及对其复议申请权行使的认定，对其合法权益会产生直接影响，在程序安排和实体权益保护方面不宜将复议机关怠于举证的后果任由某公司来承担。对此，二审法院明确指出：“法院可以对某市人民政府逾期举证的行为作出否定性评价，但必须依据客观事实认定某公司的复议申请是否确已超过期限。”故二审法院对某市人民政府在二审中提供的相关证据依法予以审查，在坚持对被诉行政复议行为否定性评价不动摇的同时，对涉及某公司合法权益的证据依法进行审查并认定相关事实，符合《行政诉讼法》之规定。