征收补偿协议是指房屋征收部门与被征收人依照规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，在双方意思表示一致的基础上订立的补偿协议，是一种双方法律行为。征收补偿方案则是指房屋征收部门通过对房屋征收范围内的房屋的权属、区位、用途、建筑面积以及租赁和用益物权等情况进行调查、研究后作出的征收补偿安排计划，是房屋征收部门的单方行政行为。

征收补偿协议与征收补偿方案的联系在于，一般情况下，征收补偿协议以征收补偿方案中的具体内容为基础，房屋征收部门往往在征收补偿方案的基础上与各户被征收人逐一签署征收补偿协议。

征收补偿协议与征收补偿方案的区别主要有以下三点：第一，性质不同。征收补偿协议属于行政协议的一种，是在房屋征收部门与被征收人意思表示一致的情况下双方合意的结果；而征收补偿方案是房屋征收部门单方面制订的计划安排，虽然会征求被征收人的意见，但最终是否采纳还是以房屋征收部门的意思为准。第二，订立或制定的程序不同。征收补偿协议是由房屋征收部门与被征收人一同协商订立的，而征收补偿方案是由房屋征收部门拟定的。第三，效力不同。征收补偿协议作为一种行政协议，一经生效即对房屋征收部门与被征收人产生法律约束力，且该约束力仅存在于房屋征收部门与被征收人之间；征收补偿方案作为房屋征收部门的单方行政行为，虽征求了被征收人的意见，但一般仅对房屋征收部门具有强制力，对被征收人并无强制约束力。