登记行为的性质对不动产登记机构的设置和定位具有重要意义。《暂行条例》就不动产登记加以界定：不动产登记是指不动产登记机构依法将不动产权利归属和其他法定事项记载于不动产登记簿的行为。不动产是指土地、海域以及房屋、林木等定着物。《暂行条例》并未对其性质究属民事还是行政作出界定。学界对不动产登记行为存在三种意见：行政行为说、民事行为说、双重属性说。其中行政行为说分为行政确认说和特殊的行政行为说——准法律行为的行政行为和物权公示行为。

民事行为说认为不动产登记性质上属于民事行为，理由是登记系基于当事人的登记申请发生，通过登记发生不动产物权变动的私法效果，原因行为在于当事人之间作出物权变动的法律行为，核心是当事人的意思表示，而非登记机构的登记行为。登记的目的就是要确认物权变动并将之告诉有利害关系的第三人，登记行为并没有创设新的权利义务关系，只是将已经发生的物权变动通过登记加以公示。规定不动产登记制度的《民法典》是典型的私法。

民事行为说抓住了登记的本质，但其不能解释登记机构的官方性和国家公权力介入对登记效力的保障，不利于保护申请人的合法权益，而在司法实践中就登记机构提起的诉讼都是行政诉讼。显然司法实务并不支持不动产登记的民事行为说。

从历史上看，分散登记时期我国的各个不动产类别的登记权都属于不动产所在地的县级以上人民政府和有关行政管理部门，比如《土地管理法》规定农民集体所有土地、国有土地由县级人民政府登记造册，核发证书。《城市房地产管理法》规定房产登记部门是县级以上地方人民政府房产管理部门。《农村土地承包法》规定，县级以上人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证，并登记造册。《森林法》规定，国家所有的和集体所有的森林、林木、林地，个人所有的林木和使用的林地，由县级以上地方人民政府登记造册。《海域管理法》规定，国务院批准的项目用海，由国家海洋渔业局登记造册，县级以上地方政府批准的项目用海，由批准用海的地方政府登记造册，海洋行政主管部门负责登记的具体工作。

但是我们不能根据登记机构来确定登记行为的性质，否则就会得出：同样的登记行为，登记机构是行政机关就是行政行为，登记机构是司法机关则是司法行为。

不动产登记性质上属于行政行为，是为理论界和司法实务界公认的，这是由其登记机构的官方性、登记权限和程序的行政法定性、登记机构的行政可诉性决定的。《最高人民法院关于审理房屋登记案件若干问题的规定》规定，公民、法人或者其他组织对房屋登记机构的房屋登记行为以及与查询、复制登记资料等事项相关的行政行为或者相应的不作为不服，提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理。