房屋登记是指不动产登记机构依法将房屋权利和其他应记载在不动产登记簿上的事项予以记载的行为。申请房屋登记的，应提交以下材料：登记申请书；申请人、代理人身份证明材料、授权委托书；相关的房屋权属来源证明材料、登记原因证明文件、房屋产权属证书；房屋界址、空间界限、面积等材料；与他人有利害关系的说明材料；法律、行政法规以及《不动产登记暂行条例实施细则》规定的其他材料。不动产登记机构受理后，依法查验相关信息后作出是否予以登记的决定。

若申请房屋登记存在下列情形之一的，不动产登记机构应不予登记，并书面告知申请人：违反法律、行政法规规定的；存在尚未解决的权属争议的；申请登记的不动产权利超过规定期限的；法律、行政法规规定不予登记的其他情形。

如果申请人不服不动产登记机构不予房屋登记决定的，可依法申请行政复议或行政诉讼寻求权利救济。在不涉及土地征收时，对违法建筑的处理一般分为两类：一是违反土地管理制度违法建筑的处理；二是违反城乡规划制度违法建筑的处理。

违反土地管理制度违法建筑的处理。对违反土地管理制度违法建筑的处理方式一般有以下5种：对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地按上述两种方式处理；因买卖或以其他形式非法转让土地所致的，由县级以上自然资源主管部门没收违法所得，可并处罚款；因未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。

对违反城乡规划制度违法建筑的处理，一般有以下3种方式：对正在进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价5%以上10%以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或违法收入，可以并处建设工程造价10%以下的罚款。

而在农村集体土地征收工作中，若征收范围内存在已经建成的违法建筑或者正在建造的违法建筑，如违法情节轻微，建筑所有人采取改正措施消除了影响并且按规定缴纳了罚款进而被认定为合法建筑的，在征收时可以将它们视为合法建筑进行补偿。而对于那些无法采取改正措施消除影响，也就是无法转变为合法建筑的，应不予补偿；县级以上地方人民政府城乡规划主管部门同时要责令违法建筑所有人限期拆除，不能拆除的，没收实物或违法收入，可并处建设工程造价10%以下的罚款。