为避免地方政府为经济增长、城市扩张甚至谋取某些部门、个体利益盲目征收农村集体土地，降低对农村村民的补偿安置标准，少发、不发补偿安置费用，侵害农村村民的合法权益，《土地管理法》明确要求了市、县级人民政府应在申请征收土地前与被征收人签订补偿安置协议。

市、县级人民政府只有在相关前期工作完成后才能申请征收土地。上述相关前期工作包括土地现状调查、社会稳定风险评估、征收土地公告、补偿登记、签订补偿安置协议、补偿安置费用足额到位等。但该条并未对上述前期工作的先后顺序作出明确规定。结合实践经验，签订补偿安置协议应在土地现状调查、社会稳定风险评估、征收土地公告、补偿登记之后。也就是说，只有在通过土地现状调查、社会稳定风险评估明确拟征收集体土地适合征收，通过征收土地公告告知被征收人，被征收人前往征收部门登记机关进行补偿登记后，才可能签订补偿安置协议。

作为集体土地征收程序的一环，签订补偿安置协议应当在土地现状调查、社会稳定风险评估、征收土地公告、补偿登记之后，在补偿安置费用拨付、土地征收申请之前。为实现上述目的，具有征收审批权的国务院、省级地方人民政府相关部门也必须审慎用权，真正做到权为民所用、情为民所系、利为民所谋。

在征收国有土地上房屋时，房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依规定，按征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。而被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可依法提起行政诉讼。在行政复议或行政诉讼尚未有结果时，房屋征收部门不得强制征收与拆除被征收人的房屋。在农村集体土地征收中，当土地征收部门与被征收人难以达成补偿安置协议时，是否也适用类似的程序。

补偿安置协议的签订主体是土地征收单位与被征地农村集体经济组织或者村民委员会。对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征收土地方案的实施。也就是说，若被征地农村集体经济组织或者村民委员会对补偿安置有异议，与土地征收部门难以达成补偿安置协议的，只能先由县级以上地方人民政府协调，协调不成的，最终由批准征用土地的人民政府裁决。

在大规模城市化建设中，虽然能够保障征收土地方案的顺利实施，但一方面很容易侵犯被征地集体经济组织及其村民的合法财产权益，另一方面实际是对他们维护自身合法权益的诉讼等权利的剥夺。《土地管理法》为保证被征地农村集体经济组织与村民的合法财产权益，既明确要求土地征收部门应当与拟征收土地的所有权人，也就是集体经济组织签订补偿安置协议，也要求土地征收部门与拟征收土地的使用权人，也就是村民签订补偿安置协议，并保证相关补偿安置费用提前足额到位。

同时，新的《土地管理法》还将补偿安置协议的达成与征收土地决定挂钩，市、县级人民政府在申请征收土地时，要如实说明个别确实难以达成补偿安置协议的情况，具有征收土地审批权的人民政府可以参考上述情况决定是否批准征收土地。同时，还规定了征收农村村民住宅的，应坚持先补偿后搬迁的原则，这就意味着未达成补偿安置协议时，也无法强制进行搬迁。这样的制度设置，使得土地征收部门必须尊重被征地集体经济组织与村民的合法权益，在对补偿安置等事项达成共识的情况下方能启动土地征收工作。