土地征收补偿安置协议虽是土地征收部门与被征收人之间合意的结果，但基于土地征收部门天然的优势地位，土地征收补偿安置协议通常是土地征收部门未与被征收人协商，自身或委托其他机构事先拟定，交由被征收人查看后签署的。因此，土地征收补偿安置协议中存在很多的格式条款。

所谓的格式条款，根据《民法典》规定，是指当事人为重复使用而预先拟订并在订立合同时未与对方协商的条款。虽在土地征收补偿安置协议中采取格式条款有利于节约征收补偿安置协商时间，事先明确土地征收部门与被征收人在房屋征收中的权利义务，降低征收补偿的协议成本，但格式条款的内容未经与被征收人协商，存在着侵害被征收人合法权益的可能。为此，可依据《民法典》的规定对土地征收补偿安置协议中的格式条款予以限制。

根据《民法典》规定，土地征收补偿安置协议采用格式条款的，提供格式条款的土地征收部门应遵循公平原则确定与被征收人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请被征收人注意免除或者限制征收部门责任的条款，按对方的要求，对该条款予以说明。

如土地征收补偿安置协议中的格式条款存在《民法典》规定的情形，被征收人可以请求人民法院或仲裁机构予以撤销。在下列情况下，被征收人不再有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销：被征收人自知道或应知道撤销事由之日起1年内、有重大误解的被征收人自知道或应知道撤销事由之日起90日内没有请求撤销的；被征收人受到胁迫，自胁迫行为终止之日起1年内没有请求撤销的；被征收人知道撤销事由后明确表示或以自己的行为表明放弃撤销的；被征收人自土地征收补偿安置协议签订之日起5年内没有请求过撤销的。

如土地征收补偿安置协议中的格式条款存在《民法典》规定的情形，或提供格式条款的土地征收部门免除自身责任、加重被征收人责任、排除被征收人主要权利的，该条款无效。

根据《民法典》规定，土地征收部门与被征收人对格式条款的理解发生争议的，应按通常理解予以解释；对格式条款有两种以上解释的，应作出不利于提供格式条款的土地征收部门的解释；土地征收补偿安置协议中同时存在格式条款和非格式条款，格式条款和非格式条款不一致的，应采用非格式条款。

根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》规定，行政协议存在《行政诉讼法》规定的重大且明显违法情形的，应确认无效；行政协议也可以适用民事法律规范来确认无效。

结合我国《行政诉讼法》与《民法典》等相关规定，存在以下情形的，土地征收补偿安置协议无效：

土地征收补偿安置协议的一方签署主体不具有行政主体资格，如是协助政府部门开展土地征收工作的企业单位；土地征收补偿安置协议的内容存在减损被征收人权利或者增加被征收人义务的情况，但没有相应的法律依据；土地征收补偿安置协议的内容客观上不可能实现；土地征收补偿安置协议存在其他行政法律规范认为重大且明显违法的情形。

被征收人是无民事行为能力人，其签订的土地征收补偿安置协议。被征收人是限制民事行为能力人，其签订的土地征收补偿安置协议，且未经其法定代理人同意或者追认。

被征收人与征收人以虚假的意思表示签订的土地征收补偿安置协议。虚假意思表示是指征收人或被征收人并没有真实的签订土地征收补偿安置协议的内心想法，而是基于某些考虑假意签订的。

违反法律、行政法规的强制性规定。法律法规包括《民法典》《土地管理法》《城乡规划法》等。需要注意的是，并非违反上述法律法规的所有规定都会导致土地征收补偿安置协议的无效，只有违反其中的效力性强制性规定才会导致无效。效力性强制性规定是指法律及行政法规明确规定违反了这些禁止性规定将导致合同无效或合同不成立的规定；或是法律及行政法规虽然没有明确规定违反这些禁止性规定后将导致合同无效或者不成立，但如果使合同继续有效将损害国家利益和社会公共利益的规定。

存在违反公序良俗的情形。公序良俗，即公共秩序与善良风俗的统称。如果被征收人与征收人签订土地征收补偿安置协议存在违反公序良俗的情形，如不符合公共利益的需要、有违社会良好风尚等，都应认定无效。

恶意串通，损害他人合法权益。一般来说，《民法典》中“恶意串通”的主体是合同的双方当事人，在土地征收补偿安置协议中就是土地征收部门与被征收人。在土地征收补偿安置中，土地征收部门与被征收人不得恶意串通，当损害到他人合法权益时，双方签署的土地征收补偿安置协议当属无效。