《土地管理法》第十一条规定，农民集体所有的土地已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理。也就是说，农村集体土地已经分别属于各村民小组的，由各村民小组对土地进行经营管理，在土地确权登记时，应由村民小组提出登记申请，并确权登记到村民小组名下。如果在土地确权登记过程中，村民小组对土地权属发生了争议，应根据《土地管理法》第十四条的规定进行处理。

根据该条规定，在土地确权登记过程中，两个村民小组之间就土地权属发生争议，应按以下程序办理。

（1）协商解决。双方通过协商并最终达成协议，且该协议不违反法律规定的，应根据双方达成的协议确认土地权属，并进行集体土地所有权登记。

（2）申请人民政府进行处理。双方无法协商或协商后无法形成一致意见的，对土地权属发生争议的一方或双方，均可向争议土地所在地的县级自然资源行政主管部门申请调查处理。自然资源行政主管部门根据《土地权属争议调查处理办法》的规定受理案件，依法对争议土地进行调查，并可组织双方调解，达成协议的，制作调解书，生效的调解书具有法律效力，是土地登记的依据。调解未达成协议的，自然资源行政主管部门应及时提出调查处理意见，由人民政府作出处理决定。生效的处理决定作为土地权属登记的依据。

（3）提起诉讼。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，应根据《土地管理法》第十四条的规定，自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。由法院对争议土地权属纠纷进行审理，依法进行调解或判决，生效的判决书、调解书作为土地权属登记的依据。

土地权属存在争议尚未解决的，根据《不动产登记暂行条例》第二十二条的规定，不动产登记机构不予登记。土地权属已经解决的，当事人可持调解协议、人民法院的生效法律文书、人民政府的生效决定等申请不动产登记。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。