征补条例规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。

在征补条例出台前，国务院要求：对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋，应依据现行有关法律法规补办手续。对政策不明确但确属合理要求的，要抓紧制定相应的政策，限期处理解决。征收补偿条例延续了这一原则，并进行了完善，即由政府组织相关部门，根据客观情况进行调查、认定、处理。

按相关法律、法规要求,房屋建设之前应办理规划和建设许可等手续,合法的房屋应办理不动产登记并取得相关产权登记证书,房屋征收补偿应根据产权登记的结果进行。实践中,因历史原因和社会原因存在大量未经登记的建筑,特别是在旧城区改造的区域范围内。这种情况的形成是多方面原因造成的,其中有相当一部分原因是因为房屋建设时相关的法律、法规尚未出台,还有的是因为政府相关部门的执法和管理也不到位。如“一刀切”的按违法建筑处理不予补偿,不仅不利于被征收人权益的保护,也有损公共利益的实现。故法律特别规定了对未登记建筑的调查、认定和处理程序。

调查是政府组织人员对征收范围内未经登记的建筑物的结构、位置、面积、形成原因、办理建设审批、产权登记的情况进行调查核实。认定是根据调查结果，结合被征收房屋的形成原因、城乡规划等情况对未经登记建筑物的合法性进行认定，以及对临时建筑是否超过批准期限进行认定。处理是根据认定的结果进行处理，对于认定为合法建筑的未经登记建筑和未超过批准期限的临时建筑给予补偿，对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。

不同情况形成的未经登记建筑，认定、处理结果也不相同。对于具体的标准，征收补偿条例未作规定，一般由作出征收决定的市、县级人民政府制定具体办法。

需要指出的是,对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理,属房屋征收部门以及县级以上地方人民政府城乡规划主管部门的法定职责,而非市、县级人民政府的法定职责。在国有土地上房屋征收过程中,有权部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理,仅是对嗣后评估机构依法作出评估报告,以及市、县级人民政府依法决定补偿作出准备、创造条件,其本身并不对征收补偿法律关系产生终局性影响,不在行政机关与被征收人间直接设定行政法上的权利义务关系。因而,当事人如对此类调查、认定和处理行为不服,向人民法院提起行政诉讼的,不应属行政诉讼受案范围。但如是城乡规划部门或城市管理部门对征收范围内未登记建筑启动违法建筑查处程序,并单独作出相关行政决定,责令被征收人限期拆除违法建筑，则该单独作出的相关行政决定会对被征收人的实体权利产生影响，被征收人对此行政决定不服,可单独申请行政复议或提起行政诉讼。